孩子眼中的世界在這部電影里美妙的展開，父母雙亡的小瑪麗（凱特·馬伯裏 Kate Maberly飾）來到蘇格蘭的親戚家住了下來。這是個美麗而又有點神祕的莊園，尤其是祕密花園更是瑪麗心中的一個大謎團。

原來，瑪麗的姨母曾經在自己這個花園的千秋上喪命，姨父便從此緊鎖了花園大門。 無意中發現了鑰匙的瑪麗打開了花園的大門。從此，花園成爲了瑪麗與大自然水乳交融的聖地。瑪麗還帶上了長期坐在輪椅上的表弟科林（海登·普勞斯 Heydon Prowse飾），他本來封閉的視野在神奇的大自然面前變得豁然開朗，而朋友迪康（安德魯諾特 Andrew Knott飾）更是在這裏和他的鳥兒朋友們聊天，祕密花園的大門就這樣通向了孩子們心中的天堂……